La planificación estratégica del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), se enmarca en la Estrategia Nacional de Ciencia y Tecnología (ENCYT) y el Plan Nacional de la I+D+I, así como en las directrices establecidas a través de la Comisión Mixta formada por representantes del Ministerio de Economía y Competitividad y el Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad.

Para la implementación de dicha estrategia, el ISCIII dispone de los siguientes instrumentos:

• La Acción Estratégica en Salud, enmarcada en el Plan Nacional de I+D+I 2012.
• La política de Centros Propios, Fundaciones, Redes y Consorcios.
• Las Plataformas de Servicios y Científico Técnicas comunes.
• Los conciertos con las Comunidades Autónomas y otras instituciones.

Los objetivos básicos son:

• La generación de conocimiento en ciencias de la salud.
• La producción de un impacto positivo en la salud de la población.
• La generación de riqueza a través de la innovación y la creación de distintas iniciativas de tipo empresarial.