Unidad de Biología Computacional

CIENTIFICOS TITULALES

Victoria Lopez
Luis García

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC creada en enero del 2014 surge con el objetivo de favorecer la incorporación de herramientas de biocomputación para su aplicación a la investigación  de las enfermedades crónicas, así como el desarrollo y aplicación de metodologías de análisis multiplexado de muestras

 

Objetivos:

  • Empleo de herramientas de biocomputación para representar, almacenar y analizar los datos biológicos disponibles (genómicos, transcriptómicos, proteómicos…)
  • Integrar estos datos con información de modelos animales, pacientes, enfermedades, síntomas, pruebas de laboratorio, informes de patología, imágenes clínicas y medicamentos
  • Aplicación de protein microarrays al diagnóstico y la investigación
  • Iniciar estudios computacionales de variantes génicas así como favorecer la integración con información clínica y epidemiológica.
Biología Computacional

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

LINEAS DE TRABAJO

  • Aplicación de métodos computacionales al estudio de  expresión y regulación genética mediante la tecnología de microarrays.
  • Métodos computacionales para interpretación funcional de la información obtenida por las nuevas tecnologías genómicas de alto rendimiento.
  • Búsqueda de marcadores diagnósticos mediante ensayos multiplex.
  • Aplicaciones diagnósticas y para cribado de inmunoensayos multiplex.

 

PUBLICACIONES

  • Aguado-Urda M, Blanco MM, Gibello A, Fernández-Garayzábal JF, López-Alonso V, Lopez-Campos, G. Global transcriptome analysis of Lactococcus garvieae strains in response to temperature. PLOS ONE 2013; 8: e79692. PMID: 24223997.
  • López Alonso V, Hermosilla Gimeno I, López Campos GH, Mayer MA, INBIOMEDvision Consortium. Future Challenges of Biomedical Informatics for Translational Medicine. Stud in Health Technol and Inform 2013; 192: 942. PMID 23920716.
  • Fernandez-Lozano C, Lopez-Campos G, Seoane JA, Lopez-Alonso V, Dorado J, Martín-Sanchez F, Pazos A. Anonymizing patient genomic data for public sharing association studies. Stud in Health Technol and Inform 2013; 192: 979. PMID: 23920753.
  • Maojo V, Fritts M, Martin-Sanchez F, De la Iglesia D, Cachau R, Garcia-Remesal M, Crespo J, Mitchell J, Anguita A, Baker N, Barreiro JM, Benitez S, De la Calle G, Facelli J, Ghazal P, Geissbuhler A, Gonzalez-Nilo F, Graf N, Grangeat P, Hermosilla I, Hussein R,  Kern J, Koch S, Legre Y, Lopez-Alonso V, López-Campos G,  Milanesi L, Moustakis V,  Munteanu C, Otero P, Pazos A, Perez-Rey D, Potamias G, Sanz F, Kulikowski C. 2012. Nanoinformatics: developing new computing applications for nanomedicine. Computing 2012; 94: 521-39. PMID: 22942787.
  • Aguado-Urda M, Gibello A, Cutuli MT, López-Alonso V, Fernández-Garayzábal JF, Blanco MM. Genome Sequence of Lactococcus garvieae 8831, Isolated from Rainbow Trout Lactococcosis Outbreaks in Spain. J Bacteriology 2011; 193: 4263–4264. PMID: 21685280.
  • Aguado-Urda M, López-Campos GH, Blanco MM, Fernández-Garayzábal JM, Cutuli MT, Aspiroz C,   López-Alonso V and Gibello A. Genome sequence of Lactococcus garvieae 21881, isolated from a case of human septicaemia. J Bacteriol 2011; 193: 4033-4. PMID: 21622739.
  • López-Campos GH, Romera-López A, Martín-Sánchez F, Diaz-Rubio E, López-Alonso V, Pérez-Villamil B. MicroRNA Microarray Data Analysis in Colon Cancer: Effects of Normalization. Lect Notes Comp Science 2011; 6692:260-267.
  • Lopez-Campos G, Romera-Lopez A, Seoane JA, Perez-Villamil B, Lopez-Alonso V, Martin-Sanchez F. Microarrays and Colon Cancer in the Road for Translational Medicine. Current Bioinformatics  2011; 6: 145-162.
  • García-Remesal M. Cuevas A. López-Alonso V. López-Campos G. de la Calle G. de la Iglesia D. Pérez-Rey D. Crespo J. Martín-Sánchez, F. Maojo V. A method for automatically extracting infectious disesase-related primers and probes form the literature. BMC Bioinformatics 2010; 11: 410. PMID: 20682041.
  • Lopez-Campos G, Lopez-Alonso V, Martin-Sanchez, F. Training Health Professionals in Bioinformatics. Experiences and Lessons Learned. Methods Inf Med 2010; 49: 299-304. PMID: 2040508.
  • López-Alonso V, Hermosilla-Gimeno I, Lopez-Campos G, Maojo V, Martin-Sánchez F. 2008. Action GRID: assessing the impact of Nanotechnology on Biomedical Informatics. AMIA Annu Symp Proc 2010; 1046. PMID: 18998944.
  • Martín-Sánchez F, López-Alonso V, Hermosilla-Gimeno I, Lopez-Campos G. A  Primer in Knowledge Management for Nanoinformatics in Medicine. Lect Notes Comp Science 2008; 5178: 66-72.
  • López-Campos G, López-Alonso V, Martin-Sanchez, F. Addressing the biomedical informatics needs of a microarray laboratory in a clinical microbiology context. Stud Health Technol Inform. 2008; 136: 45-50. PMID:18487706.
  • Lopez-Campos G, Garcia-Albert L, Martin-Sanchez F, Garcia-Saiz,A Analysis and management of HIV peptide microarray experiments. Methods Inf.Med.; 2006, 45(2); 158-162:A. 1.600
  • Oliveira C, Oliveira JL, Sanchez JP, López-Alonso V, Martin Sanchez F, Maojo V, Sousa Pereira A. Grid Requirements for the Integration of Biomedical Information Resources for Health Applications. Methods Inf Med 2005; 44: 161-167. PMID:15924167
  • García-Albert L. Ortiz, M. García-Saiz A. HIV Type 1 Non-B Subtype Prevalence in Spain, 1997-1998 AIDS Research and Human Retroviruses. September 2001, 17(14): 1317-1320
  • Azañedo, M.  Pollán, M. Cristobal, E. Arribas, B. García-Albert, L. García-Sáiz, A. Maestro, M.L. Torres, A. Menárguez, J. Rojas, J.M. Genetic analysis of RET, GFRα1 and GDNF genes in Spanish families with multiple endocrine neoplasia type 2A. International Journal of Cancer. Volume 99, Issue 2, pages 299–304, 10 May 2002
  • López-Alonso V, Moreno López L, López-Campos G, Martín-Sánchez F. Description of a ontology for supporting BIKMAS, a biomedical informatics knowledge management system. Frontiers in Artifitial Intelligence and Applications 2002; 82: 940-944.
  • López-Alonso V, Moreno López L, López-Campos G, Maojo V, Martin-Sanchez F . BIKMAS a Knowledge Engineering System for Bioinformatics. Intelligent Data Engineering and Automated Learning-IDEAL. Lect Notes Comp Science 2002; 2412: 435-440.

LIBROS

  • Aguiló Llobet J, Freire Veiga A, Iglesia Jiménez D, López Alonso, V, Pazos Sierra A. Líneas estratégicas de las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones en Salud.  2013. Edita Ciencia y Tecnología para el desarrollo CYTED. ISBN: 978-84-15413-18-9.
  • López-Campos GH, Martinez-Suarez JV, Aguado-Urda M. López-Alonso V.   Microarray detection and characterization of bacterial foodborne pathogens. 2012. Springer Briefings in Food, Health and Nutrition. 135 pgs. ISBN-13: 978-1461432494.
  • Aguiló J, Freire, A, de la Iglesia, D, López-Alonso V, Pazos, A. Tecnologías NBIC en salud. El papel protagonista de la Nanociencia. Aplicaciones de especial interés al Cancer Colorrectal. 2012. 89 pp. Edita Ciencia y Tecnología para el desarrollo CYTED. ISBN: 978-84-15413-15-8.
  • López V, Loza M, Martín F, Pazos A. Advances in biomedical informatics: COMBIOMED. Fundación Universidade da Coruña. 2011; ISBN 978-8497494779.
  • Cannataro M, Veltri P, Aloisio G, Fiore S, Mirto M, Maglaveras N, Chouvarda I,  Koutkias V, Malousi A, Lopez V, Oliveira I, Sanchez JP, Martin-Sanchez F. 2005. The Healthgrid White Paper. From Grid to Healthgrid. IOS Press ISBN I-58603-510-X.
  • Martín-Sánchez F. y López-Alonso  V (Editores). Informática Biomédica. 2004.

PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN

López Alonso V. “INBIOMEDvision, Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europe”. European Commission FP7-ICT-2009-6-270107. 2011-2013

López Alonso V. Subtipos moleculares de Listeria monocytogenes de las cadenas de producción de productos cárnicos listos para su consumo”. Subproyecto 2. Análisis transcriptómico. MINECO-RTA. 2012-2015.

López Alonso V. Diseño de un microarray de DNA para la detección rápida de los subtipos moleculares de Listeria monocytogenes: aplicación al estudio de la supervivencia de las diferentes cepas tras el procesado de productos cárnicos de cerdo ibérico”, MICINN-RTA, 2008-11.

Ballester Jareño S. Terapia con Células Madre Mesenquimales de la Decidua de origen humano en Esclerosis Múltiple. Análisis de eficacia en el modelo EAE y diseño de un ensayo clínico fase I F.I.S. Entidades participantes: Instituto de Salud Carlos III, UFIEC. Unidad de Investigación Hospital 12 de Octubre, Unidad de Medicina Regenerativa. 2014-2016

Martín Sanchez, F. NanoSost, hacia una nanotecnología responsable y segura. Ministerio de Ciencia e Innovación. Proyectos estratégico singular de cooperación público-privada. 2009-2010.

García Saiz, A. Análisis de la respuesta inmune humoral del virus del papiloma humano (VPH) en coinfecciones con VIH-1, mediante el desarrollo de un sistema multiplex de detección de anticuerpos. FIPSE. Entidades participantes: Instituto Salud Carlos III. Universidad Complutense, Facultad de Biológicas 2007-2010

López Alonso V. Convergencia de tecnologías bioinformáticas basadas en microarrays y su aplicación en el campo de enfermedades infecciosas. Instituto de Salud Carlos III. 2008-2009.

Martín Sanchez, F. A Grid based collaboration on Nano-Bio-Medical informatics between Europe and Latin America. ACTION-Grid. European Commission, 2008-2009.

Martín Sanchez, F. INFOG ENMED: A virtual laboratory for accessing and integrating genetic and medical information for health applications.  European Commission.2002-2004.

Martín Sanchez, F. Acceso e integración virtual de bases de datos médicas y genéticas. MICINN 2002-2005.
 

ACTIVIDADES SINGULARES

Coordinación de COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional. Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. 2008-2011 (Prórroga de ejecución hasta diciembre 2013).

Red Iberoamericana de Tecnologías Convergentes NBIC en Salud. CYTED Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el desarrollo. 2009-2012.

RETIC INBIOMED, plataforma de almacenamiento, integración y análisis de datos clínicos, genéticos, epidemiológicos e imágenes orientada a la investigación sobre patologías. Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. 2003-2005.

® Instituto de Salud Carlos III