Las funciones del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), se sustentan en tres pilares:

•  Investigación biomédica: fomento y desarrollo de una investigación de excelencia y altamente competitiva
•  Servicios científico-técnicos: Prestación de servicios de referencia de soporte a la Administración General del Estado y al Sistema Nacional de Salud.
•  Formación científico-técnica sanitaria: programas de formación en salud pública, dirección y gestión sanitaria y dirección y gestión científica, orientados fundamentalmente a los profesionales de la salud.