El ISCIII  participa en la capacitación básica o avanzada de los profesionales de la salud para hacer frente a a las actuales demandas sanitarias de la sociedad. Imparte formación, asesoramiento e investigación en las causas de la enfermedad profesional y la enfermedad relacionada con el trabajo y realiza una labor general de formación en sus centros de profesionales en salud pública a través de becas y estancias. La formación en las escuelas del ISCIII se organiza  a través  de cursos de posgrado (Máster y diplomaturas) y de formación especializada de médicos internos residentes en salud pública, medicina preventiva y medicina del trabajo.