El Instituto de Salud Carlos III coopera y asesora técnicamente en el diseño de políticas y estrategias de internacionalización de la investigación española en ciencias de la salud y en el establecimiento de alianzas, en coordinación con el Ministerio de Economía y Competitividad. En este sentido, constituye la referencia estatal en las políticas, actuaciones y programas europeos e internacionales en el ámbito de la investigación en biomedicina y ciencias de la salud.
El Instituto de Salud Carlos III trabaja en cuatro áreas internacionales:
- Consorcios internacionales de investigación
- International Cancer Research Consortium (http://www.icgc.org/), donde el ISCIII ha financiado junto al Ministerio de Ciencia e Innovación el genoma de la Leucemia linfocítica crónica (http://www.icgc.org/icgc/cgp/64/530/826)
- International Rare Diseases Research Consortium (http://ec.europa.eu/research/health/medical-research/rare-diseases/irdirc_en.html), consorcio formado por la Comisión Europea, los National Institutes of Health de EEUU, los Canadian Institutes for Health Research, y agencias financiadoras de Francia, Alemania, Holanda, Italia y el Reino Unido, donde España fue el primer país firmante.
- Espacio Europeo de Investigación
El Instituto de Salud Carlos III contribuye activamente al desarrollo del Espacio Europeo de Investigación y se posiciona en él, fundamentalmente a través de- Programa Marco
- Programación Conjunta
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Programa EURAXESS
El ISCIII es una de las primeras instituciones adheridas a la Carta de los Investigadores y al Código de Conducta en el Reclutamiento de Investigadores de la Unión Europea, y trabaja para adecuar sus políticas de recursos humanos a los estándares europeos
- Dirección General de Salud y Consumo de la Comisión Europea (DG SANCO)
- Programa comunitario de salud 2008-2013 de DG SANCO
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ECDC, European Centre for Disease Control
El ISCIII colabora con el ECDC para formar una red de laboratorios de referencia
- Colaboración con programas y redes internacionales

