Desde los centros propios del ISCIII se aborda la investigación básica y aplicada en salud pública a través de varias líneas prioritarias: enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes; uso de microorganismos en actividades de bioterrorismo; enfermedades tropicales; estrategias medioambientales; enfermedades raras; telemedicina; bioinformática y las enfermedades neurodegenerativas,  las cardiológicas y las relacionadas con cáncer.

El Área de Coordinación de Investigación Científica,  gestiona y coordina la actividad que se realiza en el ISCIII dentro del marco de las convocatorias de investigación.