ELIXIR
Infraestructura europea distribuida en bioinformática para las Ciencias de la Vida, en la que participan 22 países y más de 200 Institutos de Investigación que conjuntamente desarrollan servicios fundamentales que permiten acceso, integración y análisis de datos a la comunidad investigadora.
Coordinar los recursos de Ciencias de la Vida de toda Europa de manera que formen una única infraestructura que facilite a los científicos encontrar y compartir datos, intercambiar experiencias y acordar las mejores prácticas.
ELIXIR coordina el desarrollo de servicios e infraestructuras en ciencias de la vida en Europa. Los nodos nacionales de ELIXIR contribuyen con más de 300 servicios que cubren distintos dominios científicos dentro de las ciencias de la vida, p. ej. Bioquímica, Redes de Interacciones, Evolución y Filogenia, Genómica y otras ómicas, Proteómica, Biología estructural, entre otras.
Los servicios para el manejo e integración de datos de pacientes son de suma importancia con el Archivo Europeo de Genómica-fenómica (European Genome-phenome Archive) como una de sus piezas centrales. Además, ELIXIR junto con sus nodos nacionales, ofrece capacidades computacionales a través de la comunidad europea de Galaxy y su red de computación distribuida pulsar.
- Organización de la infraestructura (plataformas, communities)
ELIXIR trabaja conjuntamente utilizando un modelo de «Nodo central y nodos nacionales». Cada estado miembro de ELIXIR establece un «Nodo» que a su vez es una red de organizaciones que trabajan dentro de un estado miembro. Cada nodo tiene una organización representante que coordina las actividades locales de ELIXIR.
ELIXIR se organiza a diversos niveles en:
- 5 Plataformas: Data, Tools, Compute, Interoperability, Training.
- 11 Comunidades: 3D-Bioinfo, Galaxy, Instrinsically Disordered Proteins, Marine Metagenomics, Metabolomics, Microbial Biotechnology, Plant Sciences Proteomics, y las denominadas Human Data Communities que incluyen Federated Human Data, Human Copy Number Variation y Rare Diseases.
- 11 Grupos de interés: Biodiversity, Cancer Data, EC Research Funding, FAIR Training, Health Data, Impact, Innovation and Industry, Machine Learning (ML), Registries, Research Data Alliance (RDA) y Systems Biology.
- 2 grupos de coordinadores: coordinadores técnicos y coordinadores de formación.
- Innovación e Industria con sus áreas de foros de innovación y pymes, Bioinformatics Industry Forum y el esquema de intercambio de conocimiento.
La sede central de ELIXIR está situada en el Welcome Genome Campus en Hinxton (Cambridge, Reino Unido) dentro del Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI). La sede central alberga la dirección de ELIXIR, las áreas de Administración y Operaciones, Relaciones Externas, Genómica Humana y Datos Traslacionales, Servicios Legales, así como la unidad de gestión de proyectos y el equipo de coordinación técnico de las distintas plataformas.
Actualmente hay 22 países asociados (EMBL-EBI, Reino Unido, Suecia, Suiza, República Checa, Estonia, Noruega, Países Bajos, Dinamarca, Israel, Portugal, Finlandia, Francia, Bélgica, Italia, Eslovenia, Luxemburgo, Irlanda, Alemania, Hungría, España, Grecia) y 1 país observador (Chipre).
La gobernanza se define en el Acuerdo del Consorcio ELIXIR, y contiene a la Junta de Dirección de ELIXIR que es su máximo órgano de decisión; el Consejo Asesor Científico (SAB) que asesora al Consejo sobre la estrategia científica de ELIXIR y revisa las solicitudes de adscripción de nuevos nodos a ELIXIR; el Comité Asesor de la Industria que brinda asesoramiento y orientación sobre las necesidades de la industria; el Director que es responsable ante la Junta de Dirección de ELIXIR de la implementación del programa científico de ELIXIR; el de Comité de Jefes de Nodos formado por el Director y los representantes de los nodos nacionales, que conjuntamente desarrollan la estrategia científica y técnica de ELIXIR, incluidos sus programas científicos.
- Representantes del nodo español
- Gobernanza: Ignacio Baanante (MCIN) y Elena Doménech (ISCIII)
- Responsable del nodo español: Alfonso Valencia (BSC)
- Coordinador del nodo español: Salvador Capella-Gutierrez (BSC)
- Coordinador técnico: Josep Lluís Gelpí (BSC)
- Coordinadora de formación: Eva Alloza (BSC)
El nodo científico español lo constituyen: el BSC (Barcelona Supercomputing Center), UPF (Universidad Pompeu Fabra), CRG (Fundación Centro de Regulación Genómica), CNIO (Fundación del Sector Público Estatal CNIO Carlos III), IRB (Fundación Instituto de Investigación Biomédica de Barcelona), CSIC (Fundación Instituto de Investigación Biomédica de Barcelona), UMA (Universidad de Málaga) y FPS (Fundación Pública Andaluza Progreso y Salud). El nodo, coordina la participación española que desarrolla recursos bioinformáticos clave en diferentes áreas de las Ciencias de la Vida: genómica, proteómica, transcriptómica, medicina genómica, biología estructural y medicina traslacional, entre otros.
- Ejemplos de Proyectos en marcha
ELIXIR coordina proyectos europeos como: Beyond 1 Million Genomes (B1MG), ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, IMI2 FAIRplus y participa directamente en proyectos como CINECA, EOSC Enhance, European Joint Programme on Rare Diseases (EJPRD), EU-STANDS4PM y IMI2 eTRANSAFE.
ELIXIR colabora, tanto a nivel europeo como global, con distintos proyectos e iniciativas como Australian BioCommons, BioExcel CoE, Euro-BioImaging, GA4GH, GOBLET, International Biocoaliction y RDA. Además, ELIXIR forma parte de ESFRI donde fue seleccionada como una de sus 3 infraestructuras estratégicas.
TeSS: ELIXIR's Training Portal. ELIXIR Knowledge Exchange Scheme. Webinars, biohackathones, congresos, talleres, y eventos de formación diseñados ad hoc a las necesidades de comunidades, plataformas, grupos de interés.
La participación está regida por un convenio entre el ISCIII y las entidades que forman parte del nodo español de ELIXIR donde se fijan las responsabilidades y las formas de afiliación al nodo español.
Los servicios prestados por ELIXIR son de naturaleza abierta con lo cual no es necesario ninguna gestión específica para utilizarlos. En caso de que se requieran determinadas funcionalidades y/o acudir a convocatorias europeas junto con los proveedores de estos servicios, se puede contactar al nodo coordinador de ELIXIR en España o directamente a los grupos responsables del servicio en cuestión.