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1986 – Nace el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) por la Ley 14/1986 General de Sanidad.
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1988 – Impulso de la formación en gestión sanitaria pública con la integración de la Escuela de Gerencia Hospitalaria en la Escuela Nacional de Sanidad.
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1988 – España elimina la poliomielitis con el apoyo de la vigilancia epidemiológica y de los laboratorios del ISCIII.
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1989 – Inicio de la vigilancia epidemiológica del Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) por el ISCIII.
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1994 – El ISCIII asume la gestión del Fondo de Investigación Sanitaria (FIS), actual Acción Estratégica en Salud (AES).
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1994 – Lanzamiento del Programa de Epidemiología Aplicada de Campo (PEAC).
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1995-1996 – Creación de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE) y del sistema de vigilancia de la gripe (SVGE), ambos gestionados desde el ISCIII.
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1996 – Creación del Centro de Investigación para el Síndrome del Aceite Tóxico (CISAT), que en 2001 pasó a denominarse CISATER.
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1997-2001 – Apoyo científico-técnico en la crisis de la Encefalopatía Espongiforme Bovina. Se consolida la vigilancia epidemiológica y el registro nacional de encefalopatías espongiformes transmisibles en humanos.
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1998-2002 – Constitución de las fundaciones de investigación oncológica (FCNIO), cardiovascular (FCNIC) y enfermedades neurológicas (FCIEN).
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2000 – Se consolida la formación de posgrado en salud pública (Máster de Salud Pública en la ENS).
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2002 – Se crean las Redes Temáticas de Investigación Cooperativa en Salud (RETICS), actualmente denominadas RICORS.
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2003 – Se pone en marcha el laboratorio de alta seguridad biológica (BSL-3) y el Sistema de Respuesta Rápida frente a alertas sanitarias.
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2003 – España lidera avances en terapia celular. Se constituye la Red de Terapia Celular (TerCel), actual Red TeRAV+.
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2004 – El Centro Nacional de Microbiología es designado Laboratorio Nacional de Referencia para las zoonosis en el hombre y en los animales sospechosos de rabia.
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2004 – Creación del Sistema de Monitorización de la Mortalidad Diaria por todas las causas (MoMo) como respuesta a la ola de calor de 2003 en Europa.
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2005 – Acreditación por parte de la Organización Mundial de la Salud (OMS) de los Laboratorios de Referencia para sarampión y rubeola.
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2006 – Inicio del programa Centros de Investigación Biomédica en Red (CIBER-ISCIII).
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2007 – El ISCIII participa en la elaboración de la Ley 14/2007 de Investigación Biomédica.
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2009 – Se crea la Red Nacional de Biobancos, actual Plataforma de Biobancos y Biomodelos (PNBB).
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2009 – Acreditación de los primeros Institutos de Investigación Sanitaria (IIS).
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2009 – Creación de la Red de Laboratorios de Alerta Biológica (RE-LAB).
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2009 – Respuesta científico-técnica del ISCIII frente a la pandemia de gripe A (H1N1).
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2010-2013 – Lanzamiento de la Plataforma de Innovación Sanitaria (ITEMAS) y de la Plataforma de Soporte para la Investigación Clínica (SCReN).
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2011 – Designación del Centro Nacional de Sanidad Ambiental como Laboratorio Nacional de Referencia de Calidad del Aire.
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2013 – Fundación del Instituto Mixto de Investigación en salud pública (IMIENS) entre la Escuela Nacional de Sanidad y la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED).
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2014 – Respuesta por parte del ISCIII ante la crisis del Ébola y refuerzo del Sistema de Respuesta Rápida ante alertas microbiológicas.
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2014 – Se unifica la estructura CIBER en el Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red.
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2015 – Se crea el Registro Estatal de Enfermedades Raras (ReeR).
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2015 – Creación del Programa de Salud Global del ISCIII.
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2017 – El ISCIII se integra en la infraestructura europea de investigación ERINHA para el estudio de patógenos de alto riesgo biológico.
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2018 – Incorporación del ISCIII a la iniciativa europea ‘1+ Million Genomes’.
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2019 – Se crea la Alianza de Institutos de Investigación Sanitaria.
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2020 – Respuesta científico-técnica por parte del ISCIII a la pandemia causada por el virus SARS-COV-2 (COVID-19) y gestión del fondo COVID-19.
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2021 – Creación de la Red Nacional de Laboratorios de secuenciación genómica para la vigilancia de Coronavirus y otros virus respiratorios en España (RELECOV).
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2021 – Nace la Infraestructura de Medicina de Precisión asociada a la Ciencia y la Tecnología (IMPaCT).
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2022 – Respuesta científico-técnica por parte del ISCIII ante el brote del virus Mpox.
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2023 – Designación de Laboratorio de Referencia de la Unión Europea para la validación de dispositivos sanitarios de diagnóstico in vitro.
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2023 – Liderazgo y dirección científica del Observatorio de Salud y Cambio Climático.
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2023-2024 – El ISCIII financia el impulso de los Institutos de Investigación Sanitaria (FORTALECE) y el consorcio para el desarrollo de medicamentos de terapia avanzada (CERTERA).
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2025 – La OMS renueva la acreditación del Laboratorio Nacional de Poliomelitis y la designación como Centro Nacional de Gripe.