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La Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (AETS) se crea en 1994 (RD 1415/1994) de 25 de junio, por el que se modifica parcialmente la estructura orgánica básica del Ministerio de Sanidad y Consumo, estando encuadrada en el Instituto de Salud Carlos III, para atender las necesidades consultivas, de información y evidencia científica del Sistema Nacional de Salud en relación con la definición de su Política de Prestaciones Sanitarias y la mejora de la calidad y eficiencia. Para ello, ofrece valoraciones objetivas de los impactos en salud, social, ético, organizativo y económico de las técnicas, procedimientos e intervenciones sanitarias, para contribuir a sustentar sobre bases científicas, las decisiones de autoridades y demás agentes sanitarios.

A tal efecto ha de ofrecer valoraciones objetivas del impacto sanitario, social, ético, organizativo y económico de las técnicas y procedimientos de uso médico-sanitario, que contribuyan a sustentar sobre bases científicas las decisiones de autoridades y demás agentes sanitarios, bien se orienten a:

1.    Introducción sistematizada de las nuevas tecnologías en la práctica clínica,

2.    Definición de los criterios de uso apropiado de las tecnologías ya establecidas

3.    Organización de los servicios de salud.

Esta labor general de apoyo a los procedimientos de decisión sobre prestaciones sanitarias se consolida y concreta por la Ley 16/2003, de 28 de mayo, de Cohesión y Calidad del Sistema Nacional de Salud, que vincula expresamente la AETS al procedimiento de actualización de la Cartera de Servicios.

Desde el año 2012, una parte de los servicios técnicos de la AETS se enmarcan en la "Red Española de Agencias de Evaluación de Tecnologías Sanitarias y Prestaciones del Sistema Nacional de Salud".

Debido a la naturaleza y ámbito de tales actividades, la AETS ha de mantener estricta vinculación funcional con la Dirección General de Cartera Básica de Servicios del SNS y Farmacia, complementaria de su adscripción orgánica a la Subdirección General de Programas Internacionales de Investigación y Relaciones Institucionales, del Instituto de Salud Carlos III.