Las fundaciones y consorcios vinculados al ISCIII son los siguientes:
Fundación Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
Fundación Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares
Fundación Centro Nacional de Investigación en Enfermedades Neurológicas
Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red
Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red para el área temática de Enfermedades neurodegenerativas
Redes de Investigación Cooperativa Orientadas a Resultados en Salud (RICORS)
Plataformas ISCIII de apoyo a la I+D+i en Biomedicina y Ciencias de la Salud
Grupo de Investigación Centro Mixto UCM-ISIII de Evolución y Comportamiento Humanos