El Centro nacional de Medicina Tropical tiene como base la investigación en aspectos epidemiológicos, de diagnóstico, tratamiento y control de las siguientes enfermedades infecciosas:
- Malaria
- Enfermedad de chagas
- Tripanosomiasis humana africana
- Oncocercosis y otras filariasis
- VIH y sus enfermedades oportunistas
- Tuberculosis
- Leishmaniasis
- Otras enfermedades desatendidas
El Centro Nacional de Medicina Tropical cuenta con un laboratorio de malaria y biología molecular en el que se realizan estudios de variabilidad genética de los parásitos, resistencia a fármacos y estudios de entomología molecular.
Al mismo tiempo, el CNMT aborda estudios sobre desigualdades sociales en salud. Parte de la base de que la enfermedad está determinada por la estructura social, política y económica en la que se vive. Por lo tanto estudia la salud y la enfermedad como fenómeno colectivo y no como el resultado de factores de riesgo individual. Dentro de esta línea se abordan los determinantes sociales que predispone a los individuos y poblaciones más desfavorecidas a desarrollar las enfermedades anteriormente descritas.
También es objeto de estudio la salud de la población inmigrante en España, abordando fundamentalmente las enfermedades infecciosas (tuberculosis, VIH/sida, enfermedad de Chagas) y el acceso y utilización de los servicios de salud.