El Centro Nacional de Medicina Tropical se creó por orden ministerial del 27 de diciembre de 2001 (BOE del 11 de enero de 2002) para responder a la creciente movilidad internacional y la mayor presencia española en programas de cooperación internacional con el objetivo de "reforzar la asistencia, investigación y docencia en enfermedades tropicales y establecer programas de cooperación científico-técnica con los países donde existen estas patologías".
Objetivos de los programas:
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Fomentar la investigación en medicina tropical y la coordinación de grupos de investigación intramural.
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Coordinación de redes de investigación y unidades hospitalarias de medicina tropical a nivel nacional.
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Fomentar la cooperación institucional en medicina tropical, enfermedades importadas emergentes y re-emergentes a nivel nacional e internacional.
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Facilitar y fomentar la cooperación científico-técnica en los programas de intervención en el medio tropical, realizando asistencias técnicas, investigación y formación en los países del medio tropical con la finalidad de mejorar la situación de las poblaciones más vulnerables.
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Estructurar y potenciar un programa de docencia especializada en medicina tropical, dirigida a profesionales sanitarios, que cubra el vacío existente en la materia. Favorecer la formación de personal del programa MIR en medicina tropical como parte de su plan de formación.